パプワくんたちが第１パプワ島を方舟に乗って離れてから４年…。『青の秘石』の呼びかけにより眠りからめざめたコタローがガンマ団本部を抜け出した。ひとりボートに乗り海を行くコタローはやがて大きな渦の中へと飲みこまれていった。そしてたどり着いた所は第２パプワ島。すぐにパプワくんたちに発見されるがコタローは記憶喪失状態だった。番人としてパプワくんと生活を共にする元ガンマ団のリキッドは漂流されてきた少年がコタローだと知り驚愕する。コタローは『秘石眼』の持ち主で、４年前、第１パプワ島を崩壊させた事があるのだ。その強大な力を暴走させることを恐れたリキッドは、コタローが記憶喪失状態であるのをいいことに勝手に『ロタロー』と改名する。少々疑問を感じながらも『ロタロー』と呼ばれることになったコタローは、イトウくん、タンノくんなど島の変態キャラに困惑しつつもパプワくんたちと友達になってゆく。そんな『ロタロー』を取り戻すため、新生ガンマ団の面々がパプワ島へと乗り込んできた。そこに元ガンマ団特選部隊も加わって第２パプワ島もまたまた騒がしくなってくるのであった。