巨人学園野球部にはびこる名門意識一掃のため、岩風監督は、忍者の末裔とも噂される謎の男・真田一球と、同じく1年生の通称“三球士”と呼ばれる堀田、一角、司を入部させる。野球部のエース大友らは、岩風に対し露骨に不信感を抱くが、はじめて野球をやるという一球のひたむきさと、三球士の並外れた実力により、チームは団結心を欠いたまま夏の甲子園大会を勝ち進んでいく。不思議な力を発揮する一球は、果たして本当に忍者の末裔なのか？