コナンたちの活躍により平和を取り戻したインダストリア。しかし密かに生き延びていたレプカは、世界を手中にするためラオ博士が復活させた太陽エネルギーを用いて、最後の切り札である旧文明の兵器ギガントを復活させてしまう。それを知ったコナンたちは、飛行機ファルコでギガントに接近し決死の進入を行う。第1作の劇場版で割愛されたギガントの登場シーン（24話～26話）で構成された劇場版第2作。