25世紀、地球を離れていった一団が別の宇宙にある惑星イズモに漂着する。地表に降り立った一行が、最初に授かった子どもはヤマトタケルと名付けられた。地球人は惑星イズモの人々とともに平和に暮らしていたが、12年後のある日、タケルは山の中に眠っていた巨大ロボット・魔空戦神スサノオを発見する。実はスサノオは、かつて七つの惑星を滅ぼした伝説の魔空戦神の一体であり、さらに魔獣ヤマタノオロチを封印した八つのオロチ玉のひとつをその身に宿していた。そして、ヤマタノオロチ復活をもくろむ魔霊士ツクヨミが、魔空要塞から魔空戦士を送り込みスサノオを奪おうとする。タケルはスサノオを操りロボットを撃退するが、村を守るためにやむなくスサノオとイズモの少年ロカを連れて旅立っていった。途中出会った謎の美少女オトや霊能者のマ・ホロバたちとともに、タケルとスサノオは宇宙規模の大冒険に身を投じていく。