西暦20XX年。世界は「コムネット」と呼ばれるコンピューター網で一つに結ばれ、あらゆることがバーチャル空間の中でできるようになっていた。このコムネットは「グロッサー」という、巨大なホストコンピューターによって管理されていたが、ある日、グロッサーは現実世界の人間たちをも管理して、世界を支配しようという野望を持ち始めた。コムネットの開発者である犬養博士はグロッサーを阻止するため制御プログラム「コレクター」を完成させるが、直後にグロッサーに襲われる。博士はコレクターを八つのソフトに分解し、コムネットの中に放出した。 　コンピューターが苦手な中学2年生・春日結（ユイ）は、ふとしたことからそのソフトの一つ「IR（アイアール）」と出会う。IRから任務を託されたユイは、「コレクター・ユイ」として、バーチャル空間に散った8つのソフトを集める旅に出ることになった。