パプワくんたちが第1パプワ島を方舟に乗って離れてから4年…。『青の秘石』の呼びかけにより眠りからめざめたコタローがガンマ団本部を抜け出した。ひとりボートに乗り海を行くコタローはやがて大きな渦の中へと飲みこまれていった。そしてたどり着いた所は第2パプワ島。すぐにパプワくんたちに発見されるがコタローは記憶喪失状態だった。番人としてパプワくんと生活を共にする元ガンマ団のリキッドは漂流されてきた少年がコタローだと知り驚愕する。コタローは『秘石眼』の持ち主で、4年前、第1パプワ島を崩壊させた事があるのだ。その強大な力を暴走させることを恐れたリキッドは、コタローが記憶喪失状態であるのをいいことに勝手に『ロタロー』と改名する。少々疑問を感じながらも『ロタロー』と呼ばれることになったコタローは、イトウくん、タンノくんなど島の変態キャラに困惑しつつもパプワくんたちと友達になってゆく。そんな『ロタロー』を取り戻すため、新生ガンマ団の面々がパプワ島へと乗り込んできた。そこに元ガンマ団特選部隊も加わって第2パプワ島もまたまた騒がしくなってくるのであった。
パプワ/くまいもとこ
チャッピー/山口勝平
コタロー/小林沙苗
リキッド/高橋広樹
イトウ/麦人
タンノ/高塚正也
ミヤギ/平川大輔
トットリ/石塚堅
コージ/竹本英史
アラシヤマ/遊佐浩二
ハーレム/子安武人
マーカー/小西克幸
ロッド/永野善一
G/乃村健次
シリーズ構成・脚本
井上敏樹
脚本
浦沢義雄/石橋大助
音楽
福島祐子
キャラクターデザイン
中島美子
美術監督
福田和矢
色彩設定
大平敬志
録音監督
高橋秀雄
監修
高木淳
監督
西田健一
オープニングテーマ
「旅人」
作詞:尾藤元昭
作曲:尾藤元昭&山口大悟
編曲:LOOSELY
歌:LOOSELY
エンディングテーマ
「ゆらりゆらり」
作詞・作曲・編曲:いいのまさし
歌:いいのまさし