五人の子供の失踪事件を調べている刑事クックスは、連邦警察の監査報告員アリスに、刑事であった自分の祖父ボブ・クックスの友人、ラドクリフ博士の記録を聞かせる。それによると、1901年のクレルモンで行方不明になっていた白髪の五人の少年達の死体をボブが発見、その側に後に『フラグメント』と呼ばれるようになる黒い石が落ちていたという。フラグメントにX線を照射すると刻々と形を変える模様が現れたので、それを研究する王立科学省の機関『ファントム・ゲド』が設置された。機関の一員として博士は研究を続けつつ、少年達の事も調べてみると、何と五百年の間に少なくとも13回も同じような失踪事件が起きていたのだ。最初の事件はベルギーのべフォールという町で1489年に起きていた…。
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